2012年在深海（微）生物資源獲取、應用潛力評價等方面取得了明顯進展。一是深海微生物資源海上調查取得新突破。2012年7-8月，組織實施了大洋26航次生物航段的調查任務, 在南大西洋中脊采集到大量的生物樣品；二是深海微生物資源擁有量持續上升。從大洋樣品中新分離獲得1300多株微生物；完成了18個微生物新種的基本分類鑒定工作；完成了170個深海樣品的多樣性分析；建立了環境樣品流式細胞分選單細胞與基因組擴增技術。三是深海微生物資源應用潛力評估取得良好進展。初步建立深海微生物餾分樣品庫，完成了650株海洋微生物代謝產物指紋圖譜的分析，建立了人類重大疾病相關基因的多個轉基因果蠅和斑馬魚系，獲得具抗菌、抗腫瘤與抗污損活性的菌株分別56、31和8株；分離并鑒定了120種特殊結構的深海天然產物,其中28種為新結構，部分具有良好的生物活性；從大洋樣品中篩選獲得產酶菌株400多株；克隆了15個污染物降解相關酶的基因，對36個蛋白酶進行了分離純化，獲得了20個蛋白酶N端序列；進行了甲醛脫氫酶發酵條件優化完成了深海異源表達系統宿主菌Shewanella piezotolerans WP3能量利用體系的研究；初步闡明了高溫條件下深海噬菌體GVE2感染導致宿主Geobacillus sp. E263裂解的過程。該項目共發表23篇SCI論文。