2013年，深海（微）生物勘探與資源潛力評價重大項目完成126個深海樣品或富集物的多樣性分析；完成1668株深海微生物的初步分離鑒定，其中300株完成保藏工作； 鑒定15個微生物新種；完成36株微生物基因組測序分析； 開展了1種深海樣品的環境基因組測序分析；開展了硫氧化菌、鐵還原菌的分離；

此外，項目還完成了西南、西北印度洋21、22、26航次6個樣品的高通量測序，并系統分析了10個樣品中微生物群落結構；采集了28航次樣品，培養獲得了9個屬的30株深海放線菌，及40個屬的190株深海細菌，并進行了保藏，從中獲得了參與元素循環的功能類群；獲得了3個新種，2個新化合物；分析了2個潛力菌株的基因組；構建了3個樣品的元基因組文庫，并從中篩選獲得22個目標水解酶陽性克隆；完成了搭建微生物單細胞分選和單細胞基因組擴增平臺的準備工作；

在大洋29航次（第二航段）期間，針對結核與結殼區沉積物和結核樣品，開展了微生物16S rRNA基因測序與多樣性分析，發現不同結核內部微生物多樣性差異顯著；分離結核結殼區微生物1200余株；發現并發表11個微生物新種；構建2個宏基因組文庫，基于文庫篩選和測序分析，探討海山生態系統中微生物的生態功能，發現在富鈷結殼海山生態系統中，氮循環是一種極其重要的生物地球化學循環過程。